I permtiden for 250 – 290 millioner år siden var området omkring Lille Torup dækket af ørken og meget salte, tropiske urhave. Med tiden fordampede vandet i det man kalder Zechstein-perioderne Z1, Z2 og Z3, og lod saltet ligge tilbage. Denne proces gentog sig tre gange, og efter sidste aflejring, lå saltet tilbage som en stabel pandekager.

Først udfældedes tungtopløselige forekomst af anhydrit (gips) og dolomit (kalk) . Dernæst udfældedes stensaltet, der udgør > 90% af materialet. Til sidst udfældedes de let opløselige røde kalisalte.

Millioner af år går og efterhånden kommer saltet under tryk af senere aflejringer af ler, sand og kalk. Saltet kom til at ligge dybere og dybere nede i jorden og blev varmere og varmere. I triastiden for 225 millioner år siden begyndte saltlagene at flyde sammen og skyde op som pudedannelser. Under denne proces blandes de enkelte aflejrede saltlag sammen, hvilket giver udfordringen ved kaverneudskylningen, idet de enkelte aflejringer ikke opløses ens ved udskylning.

I juratiden for 135 millioner år siden aflejredes salthorstene til slut som de strukturer vi kender i dag.

Oven på salthorsten dannes under "opskydningen" til tider lommer eller fælder, hvor olie og gas ofte vil søge hen.